Nell’aprile del 1742 si diede inizio alla demolizione dell’antica Chiesa ed il 27 agosto dello stesso anno, Benedetto XIV posò la prima pietra della nuova costruzione, che venne eseguita in base ad un progetto di Ferdinando Fuga. La solenne consacrazione, da parte dello stesso Pontefice, avvenne il 21 aprile 1748.
L’ingresso, all’interno della Chiesa a navata unica, è sovrastato dalla cantoria; purtroppo l’organo costruito nella seconda metà del Seicento dal fiammingo Willem Hermans è andato perso.
La volta a botte è decorata da un affresco completato da Stefano Pozzi nel settembre nel 1746 e raffigurante la Gloria di Sant’Apollinare. Le Cappelle laterali sono dedicate, sul lato destro a San Luigi Gonzaga, San Giuseppe e San Francesco Saverio, sul lato sinistro a San Giovanni Nepomuceno, San Josemaría Escrivá (il cui altare è sovrastato da un quadro moderno, opera di Angelo Zarcone) e Sant’Ignazio di Loyola.
Le Cappelle dedicate a San Francesco Saverio ed a sant’Ignazio di Loyola sono rivestite di marmi policromi, mentre le altre due sono decorate in finto marmo. Originariamente la statua di San Francesco Saverio sorreggeva un Crocifisso, oggi mancante ed ha un granchio di bronzo ai suoi piedi, che allude all’episodio miracoloso del crostaceo che recuperò il Crocefisso perduto dall’Apostolo delle Indie.